W procesie rozwoju nowych wyrobów OPTOPOL TECHNOLOGY S.A. współpracuje z grupą naukową z Zakładu Fizyki Medycznej Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu pod kierownictwem prof. Andrzeja Kowalczyka i dr Macieja Wojtkowskiego, który otrzymał w 2007 r. Europejską Nagrodę dla Młodego Naukowca (EURYI – European Young Investigator Award), będącą prestiżowym wyróżnieniem przyznawanym badaczom na rozwój pracy naukowej i realizację projektów. Wyróżniony projekt dotyczy opracowania nowych metod badawczych opartych o tomografię optyczną w połączeniu z mikroskopią fluorescencyjną, dzięki którym możliwe będzie obserwowanie procesów zachodzących na poziomie komórkowym w czasie trwania procesów biologicznych.
 
Współpraca z UMK w Toruniu obejmuje opracowania i rozwój metody diagnostycznej, zwanej optyczną koherentną tomografią (OCT – Optical Coherence Tomography). W jej rezultacie powstał spektralny tomograf optyczny SOCT Copernicus obecnie produkowany i poddawany dalszej modyfikacji przez OPTOPOL TECHNOLOGY S.A.

Na podstawie Umowy o Współpracy OPTOPOL TECHNOLOGY S.A. uzyskał wyłączność do komercyjnego wykorzystania oraz ewentualnej produkcji wszelkich nowych konstrukcji, ulepszeń, idei, koncepcji etc. będących rozwinięciem współpracy oraz pierwszeństwo w zakresie dostępu do jakichkolwiek nowych rozwiązań metody diagnostycznej OCT, które są i będą rozwijane w ramach i przy współpracy UMK.

OPTOPOL TECHNOLOGY S.A. prowadzi również we współpracy z Zakładem Fizyki Medycznej UMK, na podstawie tejże Umowy o Współpracy, prace badawcze nad nowymi technologiami i metodami diagnostycznymi dla okulistyki, w tym m. in.:
-   rozwojem technologii tomografii spektralnej z wykorzystaniem pojawiających się nowych rozwiązań technologicznych, w rezultacie której:
-   wdrożono do produkcji urządzenie umożliwiające badanie przedniego odcinka oka SOCT 150/P,
-   w listopadzie 2007 r., na targach AAO w Nowym Orleanie (USA), mają zostać przedstawione dwa nowe urządzenia wykorzystujące tą technologię – SOCT HR do badania tylnego odcinka oka oraz SOCT Anterius do badania przedniego odcinka oka, który wykorzystuje połączenie układu OCT z lampą szczelinową,
-   wykorzystaniem cyfrowej obróbki obrazu; pierwszy produkt z tej oferty pojawi się na listopadowych targach AAO w Nowym Orleanie (USA) w listopadzie 2007 roku,
-   nowymi technologiami i metodami diagnostycznymi dla okulistyki, np. bardzo zaawansowane już prace nad analizą przepływu krwi w naczyniach w oku;
-   budową prototypów aparatów nowej generacji z wykorzystaniem technologii spektralnej oraz strojonych źródeł światła do badania przedniego odcinka oka;
-   rozwojem metod diagnostyki wykorzystujące spektralną tomografię optyczną oraz mikroskopię fluorescencyjną (nanorobotyka).

Jednocześnie OPTOPOL TECHNOLOGY S.A. tworzy i stale rozbudowuje własny zespół osobowy w dziedzinie badań i rozwoju, składający się z naukowców, inżynierów i konstruktorów, którzy zatrudniani są w Dziale Rozwojowym OPTOPOL TECHNOLOGY S.A..

Dodatkowo przy rozwoju i wdrażaniu nowych wyrobów OPTOPOL TECHNOLOGY S.A. korzysta z usług wyspecjalizowanych firm oraz instytucji zewnętrznych takich jak m. in: Uniwersytet Warszawski (w zakresie testowania wideodermatoskopu do diagnostyki chorób skóry) czy kancelarie patentowe.